1953년에 일본 구마모토현 미나마타만 주변에서 발생한 유기수은 중독증을 일컫는 말이다. 증상은 사지마비, 시청각 기능 장애, 언어장애, 정신이상, 보행장애, 선천적 신경장애가 나타나며, 전신이 떨리고 경련이 계속되어 마침내는 사망하기도 하였다. 이는 중추 신경이 주로 침범당하기 때문이다. 1956년 구마모토대학 의학부는 일본질소비료회사에서 유출된 폐수의 무기수은이 그 원인임을 밝혀냈다. 원인 규명의 실마리는 이들 환자의 임상증상이나 병리조직상의 변화 등이 1940년대에 이미 영국의 헌터와 러셀이라는 의사가 보고한 영국의 종자소독제 제조공장에서 발생했던 메틸수은화합물에 의한 직업성 수은중독환자 발생사례와 너무도 일치한다는 점이었다. 미나마타 시에 있는 신일본질소 주식회사의 공장에서 배출된 폐수 속에 중금속의 하나인 무기수은이 함유되어 있었다. 무기수은은 유기수은으로 전환된 후 물 속에 사는 동물성 플랑크톤과 어패류들을 오염시켰는데, 먹이사슬을 통해 인체 내에까지 축적이 되어 수은 중독 현상을 일으켰다. 그 결과 어패류에 메틸수은이 축적, 그 어패류를 먹은 사람이 메틸수은에 중독되었다.
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